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Snakemake

Prérequis: migale
2020/05/11

snakemake est un gestionnaire de workflow basé sur le langage Python, développé par Johannes Köster depuis 2011 (ref). Il permet d’ordonner et d’enchainer différents outils pour créer des …

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Mettre en ligne son rapport d’analyse Rmd

Prérequis: exemple-md
2020/05/06

Cette vignette propose différentes méthodes pour rendre accessible son rapport d’analyse sur le web. Ces méthodes sont basées sur les technologies du web en utilisant Rstudio. La génération des …

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Mettre à disposition son rapport d’analyse

Prérequis: exemple-md
2020/05/06

Cette vignette propose différentes méthodes pour publier son travail, dans le but de le partager avec des collaborateurs ou de le rendre public. Ces méthodes sont basées sur les technologies du web. …

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L’infrastructure de Migale

Prérequis: commandes-unix
2020/04/15

Ce post a pour objectif de vous présenter et de vous apprendre à utiliser l’infrastructure mise à disposition par la plateforme <a href="https://migale.inrae.fr>Migale : modalités d’accès …

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Exemple d’un post écrit en Rmd

Prérequis: exemple-md
2020/04/08

Ce document explique comment configurer son compte migale pour envoyer des calculs sur le cluster via SGE directement depuis R en passant batchtools et future et en ne modifiant que très peu son code …

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FROGS en ligne de commande

Prérequis: unix cluster
2020/04/08

Ce post a pour objectif de vous présenter l’organisation du serveur migale. […] La plateforme Migale est une plateforme de bioinformatique proposant … […] L’obtention …

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Initiation à ggplot2

Prérequis: unix cluster
2020/04/08

Ce post a pour objectif de vous présenter l’organisation du serveur migale. […] La plateforme Migale est une plateforme de bioinformatique proposant … […] L’obtention …

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Les commandes Unix

2020/04/08

Ce post a pour objectif de vous présenter l’organisation du serveur migale. […] En informatique, un système d’exploitation (souvent appelé OS - de l’anglais Operating System) …

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16S Metagenomics Training - Chaillou dataset analysis

2019/03/01

This vignette is a re-analysis of the data set from Chaillou et al. (2015), as suggested in the Homeworks section of the slides. Note that this is only one of many analyses that could be done on the …

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16S Metagenomics Training - Ravel dataset analysis

2019/03/01

This vignette is a re-analysis of the data set from Ravel et al. (2011), as suggested in the Homeworks section of the slides. Note that this is only one of many analyses that could be done on the …

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Exemple d’un post écrit en md

Prérequis: unix sge
2018/11/09

Ce document est un template donnant un exemple de post écrit en Markdown (md). […] Les métadonnées sont situées en début de ficher, encadrées par trois tirets. Les métadonnées peuvent contenir …

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Future Batchtools

2015/07/23

Ce document explique comment configurer son compte migale pour envoyer des calculs sur le cluster via SGE directement depuis R en passant batchtools et future et en ne modifiant que très peu son code …


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